Le projet scientifique de l'équipe Immunovirologie et polymorphisme génétique est centré sur les infections virales persistantes (VIH et virus persistants à ADN),
la réponse immune cellulaire (notamment réponse NK) et les polymorphismes génétiques de l'hôte et des virus qui l'infectent.


L'équipe est composée de deux groupes (groupe NK et groupe virus), qui collaborent étroitement sur un projet de recherche commun (thématique 1), auquel s'associent des projets impliquant plus spécifiquement chacun d'eux (groupe NK pour la thématique 2 et groupe virus pour la thématique 3).

Il s'agit d'étudier les modulations phénotypiques et fonctionnelles des cellules dendritiques induites par des infections virales et d'en évaluer les conséquences sur les lymphocytes NK et T. Le projet, qui sera initialement conduit dans le modèle d'infection par le CMV, est intégré à celui de l'axe Immunointervention et Biothérapies, subventionné dans le cadre CPER 2007-2013. Il pourra être élargi, dans un futur proche, à des essais d'infection par certaines souches de VIH et/ou d'HHV6, virus déjà investigué au sein de la JE2437 et proche du CMV (chercheurs impliqués dans la thématique 3).

Les projets de recherche de cette troisième équipe se positionnent en continuité des travaux entrepris depuis plus de 5 ans, notamment dans le cadre de l'équipe JE2437. Elle présente une forte implication en recherche clinico-biologique (notamment dans le cadre d'études multicentriques, à investigation nantaise pour la plupart ou dans celui de groupes de travail de l'ANRS) et est complétée par des investigations plus fondamentales visant à mieux comprendre les observations menées en situation clinique. Son objectif final est de décrire la variabilité génétique virale (VIH et certains virus persistant à ADN) et d'en appréhender les conséquences sur la progression des infections, en s'intéressant plus particulièrement à la qualité de la réponse immune. La thématique comprend trois axes. Le premier vise à étudier la variabilité génétique virale naturelle, en particulier celle du CMV (conséquences de la variabilité sur la capacité réplicative virale et sur les modulations fonctionnelles induites au sein des cellules infectées) et des Papillomavirus (variabilité au sein des oncogènes E6 et E7). Un second axe concerne l'étude de la variabilité du VIH, notamment dans le cadre des traitements antirétroviraux. Cet axe comporte une description des résistances émergentes au cours des traitements par de nouvelles molécules (inhibiteurs de fusion, anti-intégrases) et évalue les conséquences sur la réponse CTL. Un dernier axe comporte deux projets clinico-biologiques qui visent à mieux comprendre la pathogénèse de complications virales opportunistes (virus à ADN, dépistage de nouvelles étiologies virales) survenant au décours des allogreffes.